Posibleng overloading o paglabag sa itinakdang kapasidad ang isa sa mga tinitingnang dahilan ng paglubog ng MV Trisha Kerstin 3 sa Basilan.

Sa isang press conference, sinabi ni Department of Transportation Secretary Giovanni Lopez na batay sa paunang imbestigasyon ng Maritime Industry Authority (MARINA) at Philippine Coast Guard (PCG), maaaring nasobrahan sa dami ng pasahero at rolling cargo ang barko kumpara sa pinahihintulutang kapasidad nito.

Ayon kay Lopez, ang labis na karga ay maaaring nagdulot ng hindi balanseng bigat na naging sanhi ng paglubog ng sasakyang pandagat.

Iniimbestigahan din ng mga awtoridad ang posibleng kakulangan sa seamanship o kakayahan sa pagmamaniobra ng barko, gayundin ang posibleng paglabag sa mga umiiral na safety regulations.

Nadiskubre rin umano ang ilang hindi pagkakatugma sa talaan ng mga pasahero o passenger manifest kumpara sa aktuwal na bilang ng mga nakaligtas, nawawala, at nasawi sa insidente.